(Theo Điều 3, Quyết định số 06/2018/QĐ-TTg ngày 23/1/2018 của Thủ tướng Chính phủ)

Các đơn vị thực hiện chức năng quản lý nhà nước

• Văn phòng Tổng cục
• Vụ Chính sách và Pháp chế
• Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế
• Vụ Kế hoạch - Tài chính
• Vụ Tổ chức cán bộ
• Cục Quản lý điều tra cơ bản biển và hải đảo
• Cục Quản lý khai thác biển và hải đảo
• Cục Kiểm soát tài nguyên và Bảo vệ môi trường biển, hải đảo

Các đơn vị sự nghiệp

• Viện Nghiên cứu biển và hải đảo
• Trung tâm Hải văn
• Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển
• Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên - môi trường biển khu vực phía Bắc
• Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên - môi trường biển khu vực phía Nam
• Trung tâm Thông tin, dữ liệu biển và hải đảo quốc gia